Молекулярное моделирование полимеров и биополимеров: проектное

Молекулярное моделирование полимеров и биополимеров: проектное обучение

Цели и задачи дисциплины

Целью дисциплины является обретение студентами опыта самостоятельного построения молекулярно-динамических моделей сложных систем, содержащих в своем составе полимеры и/или биополимеры; также значительная часть курса посвящена освоению вспомогательных методов автоматизации процедур моделирования и анализа данных. Задачами на пути к этой цели являются: 1. Построение произвольных структур мономеров и их визуальная обработка в программе PyMOL 2. Освоение функционала bash, awk и текстового редактора Vim для работы с файлами молекулярного моделирования 3. Создание авторских программ и скриптов для запуска сложносоставных алгоритмов расчета и анализа траекторий

Краткое содержание дисциплины

В рамках данного курса студенты погружаются в процесс молекулярно-динамического моделирования сложных систем, содержащих в своем составе полимеры и/или биополимеры согласно задаче проектного обучения. В рамках этого курса студентам предстоит построить молекулярно-механические модели мономеров, научиться управлять процессами моделирования и анализировать полученные траектории.

Компетенции обучающегося, формируемые в результате освоения дисциплины

Выпускник должен обладать:

ПК-6 Способен выбирать и применять методы моделирования атомно-молекулярных систем к различным типам химических соединений и получать достоверные структурные модели